办公室：行政事务综合管理部门，为学会总体运转提供全面保障。
总工办：技术咨询工作质量控制部门，为学会技术咨询服务质量提供技术保障。
科普活动部：科普活动组织与实施部门，全面负责学会生态环境科普活动策划及组织工作。
学术部：学术交流活动组织部门，主要负责学会年会、学术交流及研讨会等的策划、组织及《云南环境研究》征文、编辑出版等工作。
西部动态编辑部：西部动态内刊编辑部门，负责《西部开发与生态文明研究动态》《学会动态》等刊物的编辑、审核和印送工作。
会员管理部：会员服务与管理部门，全面负责秘书处日常联络及会员服务相关工作。
国际合作部：国际交流与合作部门，负责国际合作相关活动策划及组织工作。
研发部：科研创新发展部门，主要承担学会科研项目的管理、创新型咨询项目的拓展和攻坚任务。
咨询部：生态环境技术咨询服务部门，分为三个子部门。
咨询一部：承担规划和建设项目环境影响评价、企事业单位突发事件环境风险应急预案编制等工作。
咨询二部：承担生态文明建设及“两山”基地的创建培训、规划或实施方案编制、生态工业园区创建及其它相关技术支持；生态环境保护规划、重点区域或流域生态环境规划等编制工作。
咨询三部：承担建设项目运营阶段技术咨询工作，包括建设项目竣工环境保护验收、建设用地土壤环境调查与评估、环保管家等工作。
排污许可部：学会作为云南省生态环境厅排污许可工作技术支持单位所成立的技术组，全面为云南省排污许可申请与核发提供技术指导，提供全过程的技术支撑。
市场部：市场开拓和维护部门，了解收集市场需求信息，扩宽服务内容，维护学会对外形象。
信息和战略发展部：学会信息化建设与战略发展研究部门，主要负责信息化建设、学会战略发展规划等。
